A Microbacia Hidrográfica (MBH) do Rio São João está localizada na região oeste do Estado de Mato Grosso do Sul, no município de Ponta Porã, possui uma área de drenagem de 195,49 km², correspondendo a 3,65% do território municipal. Abrange ainda, totalmente, a sede municipal de Ponta Porã.

A Microbacia Hidrográfica (MBH) do Rio São João integra a Unidade de Planejamento e Gerenciamento (UPG) do Ivinhema, pertencente à Região Hidrográfica do Rio Paraná, segundo a divisão hidrográfica do Estado de Mato Grosso do Sul.

O principal acesso à microbacia se dá pela rodovia BR-463, com capeamento asfáltico, que interliga o município de Ponta Porã a Dourados/MS. Os demais modais para acesso e de escoamento da produção agrícola, pecuária e industrial da região podem ser visualizados na figura ao lado.